La Clínica Noel nació como un humilde costurero dedicado a confeccionar vestidos, recoger juguetes y dulces para repartirlos en Navidad entre los niños más pobres de Medellín.

En 1916 se reunieron por primera vez las mujeres de Medellín para dar comienzo al Club Noel, el cual recibió el apoyo de un grupo de hombres vinculados a la obra proporcionando máquinas de coser, telas y dinero para la confección de vestidos y la adquisición de jueguetes.

Este fue cobrando fuerza, llegado al punto de que en 1923, en medio de la crisis mundial, se pensara en crear una Clínica Infantil, la cual para 1924 comenzaba su labor bajo la dirección del primer pediatra de escuela de Antioquia: el Dr. Rafael Mejía Uribe.

Un año después el Dr. Rafael Mejía realiza la primera cirugía de Labio Fisurado y Paladar Hendido, siendo un hecho de gran trascendencia para la Clínica,  la ciudad y el país.

En 1982 se inició el programa de Labio y Paladar Hendido como un grupo multidisciplinario que trabajaría en la atención integral del niño y su familia

Durante el año 2015, con el fin de aumentar la cobertura y la calidad del servicio, en alianza con el Hospital Infantil Santa Ana, se construyeron 4 quirófanos, una central de esterilización y dos consultorios de odontología. Esta nueva sede ubicada en sector de Manila, en el Poblado, permitió ampliar la capacidad de atención en un 50 por ciento en unas modernas instalaciones diseñadas para la atención a los niños, con amplios espacios de recuperación y recreación.

Hoy en día la Fundación Clínica Noel está ubicada en el sector Manila, El Poblado, realizando un promedio de 44.000 atenciones al año, a través de un equipo médico y humano interdisplinario que ofrece un tratamiento integral para impactar la vida pequeños grandes héroes y sus familias.